判断 Scanpy 的 AnnData 对象是否已经被对数化

发布时间：2023年12月22日

1仅仅检查 .raw 属性是否存在无法准确判断 AnnData 对象是否被对数化。

在这种情况下，可以通过检查 AnnData 对象的数据矩阵中是否存在非零负值来判断它是否已经被对数化。如果数据矩阵中存在非零负值，那么可以推断 AnnData 对象已经进行了对数转换。

以下是一个示例代码，展示了如何根据数据判断 Scanpy 的 AnnData 对象是否已经被对数化：

 

import numpy as np
 # 假设你的 AnnData 对象名为 adata 
if np.any(adata.X < 0): print("该 AnnData 对象已经被对数化") else: print("该 AnnData 对象未被对数化")
 

 

 

但是，极少数情况在双对数模型中，我们常常遇到部分变量取对数后存在负值，比如比值型变量X，如果0<X<1，则在取对数后，lnX会变为负值。 这是否影响回归结果呢？?
            

            

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