基础信息库集中了整个医院信息平台的基础信息和共享数据，是为各个子系统提供基础信息服务的。基础信息库包括了患者的人口学信息、医疗卫生人员的注册信息、以及各种医疗卫生、公共卫生术语字典数据及流程模板数据等。病人基本信息是基础信息数据库中的核心内容之一。无论是电子病历、医疗业务、临床信息，还是疾病分析信息和公共卫生条线数据都是以病人基本信息为基础的。在此基础上，实现电子病历、医疗业务（含临床数据）的关联。医护人员库是基础信息数据库中的另一个核心内容，以医护人员信息为基础。可以建立医院诊疗资源注册库，可以作为医院管理以及绩效考核的基础。数据元字典是辅助各类医院业务、临床业务的基本数据元、代码集以及数据字典；以及包含了医院各种业务、流程说明模版的操作模型。流程模版库是包含了医疗机构医疗业务、临床路径、管理流程、财务结算等所有信息系统正常运转、分布协同的规则库。通过流程模版库的流程引擎指导，能够明确患者在医疗机构内如何进行就医，临床医生如何对患者进行准确诊断，防保医生如何对疾病进行控制和分析，管理及后勤人员如何对医疗资源进行合理分配或者补充采购、财务结算人员如何统计和控制医院的收入和开支。流程模版库是医疗机构保证正常运转的核心，对各级医疗卫生人员和患者的医疗行为起着规范和指导作用。
业务信息库是整个医院信息平台的数据基础，主要存储原始业务产生的数据，以未经过进一步加工的数据为主。包括诊疗业务流程产生的结果数据、医疗服务管理数据以及医院运营管理流程产生的结果数据。这些未经修改的数据，作为电子病历的备份存储，在以后发生任何疑问时，可调阅业务信息库中的数据进行核实。业务信息库中的数据要求在存储后不能被修改和删除