Mimic-III 数据库挖掘尝试——连续性肾脏替代治疗（CRRT）

Mimic-III 数据库挖掘探索——连续性肾脏替代治疗（CRRT）

前言

上个月建库成功，至今一个月过去了。

因为没有服务器，在本地电脑反复建了几次，linux系统/windows系统一应俱全[苦涩]。原始库和衍生库都建好了，数据基本备齐。

库建好了之后，又开始捡起之前的sql句子，开始库里面内容的探索。。。100多G的数据，不知道算不算大。。。

记得，六七年前跟随咨询团队去良品进行零售数据分析时用过了SAS的SQL句子，现在都1202年了，SAS也都出免费版了，良品也都上市了。而我还在苦逼的码代码，进行大数据挖掘。。。一边吃着良品的零食[苦涩]。从零售数据到医疗数据，也算是回归本业了，没想到那时学的一招半式还能派上用场。

数据分析的大概步骤

处理mimic库数据的过程大概步骤是：

1. 根据你的想法，挑选对应的病人（ICU病人）集合；
2. 根据你的想法，确定你要分析的X（自变量，指标）~Y(因变量，结局)；
3. 手动写SQL句子，获取对应病人集合的一个个Y数据；
4. 对X~Y进行相应的分析。

打勾就能导出数据的系统搭建

前面的第一二点，就是立题啦，就是你睡不着的时候突然冒出来的想法。

第三点：重复性的查询数据，比如：要获取病人的性别

-- get the basic info of patients
drop table if exists crrt.gender;
create table crrt.gender as
select i.*,p.*
from crrt.id i inner join mimiciii.patients p
on i.subject_id =p.subject_id

呃，要写好多重复性的这种句子。。。很麻烦。

要是这些指标，能打个勾就选给我就好了！呃，然后我对这个想法激动不已！

然后就花了一个星期时间，打造了这么一个系统：《打勾就能选到你要的mimic数据》。

CRRT病人的数据提取示例

插播广告：

连续性肾脏替代治疗(CRRT)是一种体外血液净化的治疗技术，是所有连续、缓慢清除水分和溶质治疗方式的总称。可治疗的疾病已从肾衰竭扩展到肾外领域，比如急性肾功能衰竭(ARF)、呼吸窘迫综合征(ARDS)、挤压综合征(CS)、多器官功能障碍综合征(MoDS)、急性坏死性胰腺炎(ANP)等。其治疗目的不仅局限于替代功能受损的肾脏，当前已扩展到常见危重疾病的救治，成为各种危重疾病救治中最重要的救治手段之一。这种治疗不仅仅是替代、改善肾脏功能，而在于对病人的支持和对其他器官衰竭的治疗，以延长病人存活时间，为多器官功能的恢复包括肾脏功能的恢复创造了条件。CRRT在经典的治疗模式基础上出现了一系列崭新的治疗，它代表了一个治疗理念的转变。当前，CRRT被广泛应用于重症疾病救治，是当今急危重症患者的主要治疗措施之一，与呼吸支持、循环支持及营养支持一起并称为ICU四大支持技术。

数据分析大概过程如下:

第一步：输入你要的病人icustay_id号。这里黏贴所有行CRRT病人的ID。

第二步：进入原始库，勾选你要的数据指标，比如性别等等，打勾（想点哪里点哪里）–》获取数据！（这个界面的每一个汉字都是我手动输入的。。。）

第三步：进入衍生库，勾选你要的指标，打勾，导出！

然后你会得到一堆数据：

把这些数据导入到R里面，形成一个完整的表：

然后就可以进行分析啦！

最后看一下，用CRRT设备的时长与病人在医院的死亡率：

可以看到：CRRT的时间越长，病人的存活越高（废话）。看到最后那个病人没？上了150多天的CRRT，在医院活过来了！

系统很简单，但是满足了我绝大部分的数据提取需求。以后再慢慢完善。

后记

以上是补发之前2021年的内容，回头看这都过去3年了。这个系统我们拿了两个软著和好几篇文章，甚至TOP期刊，还是对得起时间的付出。
今天，这个系统对大家开放了，地址：https://clinicaldata.fun/。
很多功能也在逐步完善。