1、InnoDB支持事务，MyISAM不支持事务；
2、InnoDB支持外键，MyISAM不支持外键；
3、InnoDB和MyISAM的索引都是由B+树数据结构实现的，它俩索引的不同为：InnoDB根据索引是否与数据进行绑定将索引分成了聚簇索引和非聚簇索引，InnoDB有一个规定是，表中的每一行数据必须要与某一个索引进行绑定，这个跟数据进行绑定的索引被叫做聚簇索引，InnoDB会首选主键作为聚簇索引，如果这张表没有主键，就选择一个唯一索引作为聚簇索引，如果连唯一索引都没有，MySQL就为这张表创建一个Row_id字段作为聚簇索引。那么聚簇索引是怎么跟数据进行绑定的呢？我们知道一张表中可以有多个索引，每个索引都有自己的B+树结构，但是只有聚簇索引会将数据存储在自己的B+树的叶子节点上，所以当我们基于聚簇索引进行查询的时候，能够直接查询到数据，聚簇索引的查询效率很高，而非聚簇索引的B+树的叶子节点上存储的不是数据，是聚簇索引的值，当我们基于一个非聚簇索引进行查询时，首先查到的是聚簇索引的值，再根据聚簇索引查到数据，非聚簇索引的查询效率不如聚簇索引高，但是一张表中只能有一个聚簇索引，可以有多个非聚簇索引。MyISAM不支持聚簇索引，它是将索引跟数据分开存储的，索引的B+树的叶子节点上存储的是数据的地址，通过索引查询数据时，还要再经过一次寻址才能查到数据。
当我们使用的是InnoDB存储引擎时，我们应该为每张表设计一个主键字段，并且这个字段不宜过大，因为它将被作为聚簇索引，如果聚簇索引过大的话，也会导致非聚簇索引过大。
4、锁的粒度方面的区别：InnoDB支持行锁和表锁，默认行锁；MyIsam只支持表锁，不支持行锁。
5、MyISAM有一个变量专门用来存储每张表中的记录数，InnoDB没有这样的变量，所以在执行select count(*) from user;这样的查询语句时，MyISAM直接在这个变量中取值，查询速度很快，而InnoDB需要进行全表扫描，不如MyISAM快，不过执行带where条件的count查询时，MyISAM也需要进行全表扫描，就不能在这个变量中取了。InnoDB之所以没有这样的变量，是因为它支持事务，当我们为InnoDB的事务设置不同的隔离级别时，这个查询结果是不同的，所以存储这样的变量是没有意义的。
6、在查询效率方面的区别：MyISAM的查询效率高于InnoDB，但写操作的效率不如InnoDB，当我们需要实现的功能只有查询操作时，可以用MyISAM,既有读又有写，就用InnoDB，低版本的MySQL默认使用MyISAM，从MySQL5.5开始，默认存储引擎改成了InnoDB。
7、在全文索引的支持方面：全文索引对于有全文检索需求的应用很有帮助，MyISAM是支持全文索引的，而InnoDB存储引擎从MySQL5.7开始也对全文索引做了支持。当然全文索引只支持使用在char、varchar、text类型的字段上。
8、在数据恢复方面的区别：当MySQL服务发生了崩溃时，MyISAM的数据不好恢复，InnoDB的数据更好恢复。