R语言【paleobioDB】——pbdb_map_occur()：通过化石分布记录，创建一个RasterLayer对象，和一个显示取样力度的图

??Package?paleobioDB?version 0.7.0

paleobioDB 包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDB v1 API。

可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。

Usage

pbdb_map_occur (data, res=5, col.int="white", col.ocean="black",
col.eff=c("light blue","blue"), do.plot=TRUE, ...)

Arguments

参数【data】：输入的数据，数据帧格式。可以通过 pbdb_occurrences() 函数 传参 show = “coords”?获得数据。

参数【res】：RasterLayer 对象的分辨率（以度为单位）。详见 raster。

参数【col.int】：大陆的颜色。

参数【col.ocean】：大洋的颜色。

参数【col.eff】：两种及以上颜色。用来在地图上通过渐变色展示化石记录点。

参数【do.plot】：逻辑值。为 TRUE 时，此函数返回一个 RasterLayer 对象和一个图像。

参数【...】：其他参数。详见 par 和 map。

Details

使用 pdbd_occurrences() 函数时必须传入 show=“coords”。

Value

返回一个 RasterLayer 对象，还有一个显示取样力度（每个栅格中化石记录数量）的图像。RasterLayer 对象的分辨率由?参数【res】 控制。默认的分辨率为 1。

Example

data<- pbdb_occurrences (limit="all", vocab= "pbdb", base_name="Canis",
show="coords")
X11(width=13, height=7.8)
pbdb_map_occur (data,res=2)
## to obtain the raster file without plotting it
pbdb_map_occur (data,res=3,do.plot=F)

Page

function (data, res = 5, col.int = "white", col.ocean = "black", 
    col.eff = c("light blue", "blue"), do.plot = TRUE, ...) 
{
    if (sum((colnames(data) %in% c("lat", "lng"))) != 2) {
        stop("Invalid data input. Please, add show=c('coord') to your pbdb_occurrences query")
    }
    Y <- .extract.LatLong(data)
    r <- .Raster(Y, res, col.int, col.ocean, ...)
    if (do.plot == T) {
        .plot.Raster.rich(r, col.eff, col.ocean, col.int, res, 
            ...)
        mtext("Number of records", 4, line = -1, cex = 2)
    }
    r
}