shovill --R1 1_pair.fq.gz --R2 2_pair.fq.gz --outdir mydir --minlen 200
shovill：这是你要运行的软件。
–R1 1_pair.fq.gz：指定包含第一对端读取的输入文件，格式为压缩的FASTQ文件（1_pair.fq.gz）。
–R2 2_pair.fq.gz：指定包含第二对端读取的输入文件，格式为压缩的FASTQ文件（2_pair.fq.gz）。
–outdir mydir：指定结果存储的输出目录（mydir）。
–minlen 200：指定用于组装的最小长度阈值。在这种情况下，长度小于200个碱基的读取将被排除在组装之外。
总体而言，这个命令指示Shovill工具使用两个输入文件（1_pair.fq.gz和2_pair.fq.gz）执行基因组组装，设置读取的最小长度阈值为200个碱基，并将结果存储在"mydir"目录