项目数据库|GERDH：花卉多组学数据库

园艺植物组学研究的快速发展产生了大量有价值的生长和发育相关数据。生长和发育所必需的基因在进化中高度保守。跨物种数据挖掘减少了物种异质性的影响，并已广泛用于保守基因识别。

2023年11月，凌恩生物客户南京农业大学发表于《Plant Journal》期刊的文章，介绍了一个用于园艺花卉植物多组学数据挖掘的数据库—— GERDH，包含了来自150多种园艺花卉植物种质的 12961个观赏植物。该数据库可访问地址：https://dphdatabase.com

图1 GERDH数据库主页面

GERDH以模式物种拟南芥同源基因为媒介，将不同花卉植物转录组学、表观组学等数据进行比较，通过交互式分析可快速挖掘到关键功能基因。除了跨物种分析，该数据库还提供了基因表达、种内分析、表观遗传调控、基因共表达、富集/通路和系统发育分析等功能模块，以及BLAST、同源基因查询和基因序列获取等实用工具。

图2 GERDH数据库的构建过程

该数据库涵盖了40个物种的参考基因组，包含近1.3万份高通量组学数据。文献通过挖掘调控园艺作物采后储藏保鲜的关键基因、鉴定菊花EIN3新功能等案例、例，展示了该数据库应用的便利性和有效性。

图3 利用跨物种分析确定影响采后贮藏的关键基因

总之，GERDH 将成为花卉植物关键基因鉴定的有用资源，使园艺植物界研究人员更容易地获得花卉多组学大数据。

Tips

凌恩-盈飞团队，致力于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算在生命科学研究、分子育种及人类健康领域的应用，旨在为生命科学领域客户提供领先的数据管理和分析解决方案。公司拥有多项自主专利技术和软件著作权，成功开发VG多样性分析软件、VG转录组分析软件、VG生信分析云平台、R J肿瘤信息 管理系统（临床应用）、Y-STR/Y-SNP法医学分析平台（法医应用）、FD个人基因组分析和报告系统、FD祖源分析和报告系统、FD家系分析和报告系统、动植物物种数据库（水稻、蕨类、瓠瓜、旱獭、桉树等 ）、TMBQ 靶向代谢组批量定量分析平台、蛋白代谢数据分析平台等。客户群体包括高等院校、科研院所、三甲医院及疾控中心，药企及基因检测公司等。

参考文献

GERDH: an interactive multi-omics database for cross-species data mining in horticultural crops. Plant Journal, 2023.

原文链接

Doi: 10.1111/tpj.16350