R语言【rgbif】——name_backbone()和name_backbone_verbose()在 GBIF 分类树中查找名称。

Package?rgbif?version 3.7.8

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Parameters

name_backbone(
  name,
  rank = NULL,
  kingdom = NULL,
  phylum = NULL,
  class = NULL,
  order = NULL,
  family = NULL,
  genus = NULL,
  strict = FALSE,
  verbose = FALSE,
  start = NULL,
  limit = 100,
  curlopts = list()
)

name_backbone_verbose(
  name,
  rank = NULL,
  kingdom = NULL,
  phylum = NULL,
  class = NULL,
  order = NULL,
  family = NULL,
  genus = NULL,
  strict = FALSE,
  start = NULL,
  limit = 100,
  curlopts = list()
)

参数【name】：(字符）可能带有作者姓名的学名全称（必填）。

参数【rank】：(字符）作为等级枚举给出的等级。可选。

参数【kingdom】：(字符）如果提供，默认情况下，如果没有找到与名称直接匹配的匹配项，也会尝试与此匹配。可选。

参数【phylum】：(字符）如果提供，默认情况下，如果没有找到与名称直接匹配的匹配项，也会尝试与此匹配。可选。

参数【class】：(字符）如果提供，默认情况下，如果没有找到与名称直接匹配的匹配项，也会尝试与此匹配。可选。

参数【order】：(字符）如果提供，默认情况下，如果没有找到与名称直接匹配的匹配项，也会尝试与此匹配。可选。

参数【family】：(字符）如果提供，默认情况下，如果没有找到与名称直接匹配的匹配项，也会尝试与此匹配。可选。

参数【genus】：(字符）如果提供，默认情况下，如果没有找到与名称直接匹配的匹配项，也会尝试与此匹配。可选。

参数【strict】：(逻辑）如果为 TRUE，则（模糊）只匹配给定名称，但绝不匹配上层分类中的分类群（可选）。

参数【verbose】：(逻辑），该函数是否会返回更多（更不可靠）的结果。参见函数 name_backbone_verbose()。

参数【start】：开始的记录编号。默认值：0，与参数【limit】结合使用可翻阅结果。

参数【limit】：要返回的记录数。默认值：100。最大值 1000。

参数【curlopts】：传递给 HttpClient 的指定 curl 选项的列表。请参阅 curl::curl_options?了解?curl?选项。

如果没有匹配到结果，GBIF 会返回一个 data.frame，其中包含 synonym、confidence 和 matchType='NONE' 三列。

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Value

对于 name_backbone，是一个包含多列的单一分类群的 data.frame。

对于 name_backbone_verbose，data.frame 中的模糊匹配结果数量较多。

您还将以 input_name、input_rank、input_kingdom 等列的形式获得输入的参数【name】、参数【rank】、参数【kingdom】、参数【phylum】等信息。

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Examples

> name_backbone(name='Helianthus annuus', kingdom='plants')

# A tibble: 1 × 24
  usageKey scientificName  canonicalName rank  status confidence matchType kingdom
*    <int> <chr>           <chr>         <chr> <chr>       <int> <chr>     <chr>  
1  9206251 Helianthus ann… Helianthus a… SPEC… ACCEP…        100 EXACT     Plantae
# ? 16 more variables: phylum <chr>, order <chr>, family <chr>, genus <chr>,
#   species <chr>, kingdomKey <int>, phylumKey <int>, classKey <int>,
#   orderKey <int>, familyKey <int>, genusKey <int>, speciesKey <int>,
#   synonym <lgl>, class <chr>, verbatim_name <chr>, verbatim_kingdom <chr>

> name_backbone(name='Helianthus', rank='genus', kingdom='plants')

# A tibble: 1 × 23
  usageKey scientificName canonicalName rank  status  confidence matchType kingdom
*    <int> <chr>          <chr>         <chr> <chr>        <int> <chr>     <chr>  
1  3119134 Helianthus L.  Helianthus    GENUS ACCEPT…         98 EXACT     Plantae
# ? 15 more variables: phylum <chr>, order <chr>, family <chr>, genus <chr>,
#   kingdomKey <int>, phylumKey <int>, classKey <int>, orderKey <int>,
#   familyKey <int>, genusKey <int>, synonym <lgl>, class <chr>,
#   verbatim_name <chr>, verbatim_rank <chr>, verbatim_kingdom <chr>

> name_backbone(name='Poa', rank='genus', family='Poaceae')

# A tibble: 1 × 23
  usageKey scientificName canonicalName rank  status  confidence matchType kingdom
*    <int> <chr>          <chr>         <chr> <chr>        <int> <chr>     <chr>  
1  2704173 Poa L.         Poa           GENUS ACCEPT…        100 EXACT     Plantae
# ? 15 more variables: phylum <chr>, order <chr>, family <chr>, genus <chr>,
#   kingdomKey <int>, phylumKey <int>, classKey <int>, orderKey <int>,
#   familyKey <int>, genusKey <int>, synonym <lgl>, class <chr>,
#   verbatim_name <chr>, verbatim_rank <chr>, verbatim_family <chr>