生信技能38 - 根据染色体编号和CNV起始位置进行CNV注释程序封装

发布时间:2024年01月24日

程序功能简介

通过对ClassifyCNV CNV注释工具进行封装,只输入染色体编号+CNV起始位置+CNV结束位置,即可对该区域进行注释,并对结果进行格式化输出,保留原结果主要信息,精简结果文件。

CNV注释软件可参考本人以下文章:

生信软件11 - 基于ACMG的CNV注释工具ClassifyCNV

python代码封装

import pandas as pd
import os
import argparse
# import configparser

# 配置文件,根据需求设置
# file_config = configparser.ConfigParser()
# file_config.read('/public/config.ini')

class AnnoCNV
文章来源:https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/135821568
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