gephi里做多个图，保证图例相同颜色表示相同种类

首先假定你对R语言生成.graphml文件和Gephi的使用是熟悉的

然后

在做共现网络分析的时候会在R语言里跑出来.graphml文件，包含node和edge属性，按理说之后导入Gephi，按照Phylum(微生物的门水平)对node进行着色就行了，但是如果跑多个图的话，就会发现每次不同的Phylum对应的颜色都不一样

因此思路就是，给每个Phylum对应一个color属性，让它根据color属性进行着色。

好好好，开始逆推

假设我们已经有了color属性（当然，这里是我为了尝试，自己从Gephi中导出node文件，然后手动加的颜色）

之后查了一下，要让这个属性起作用，需要在Gephi中安装一个插件，叫做give colors to nodes。具体怎么安装呢？看这里

①先去官网下载https://gephi.org/plugins/#/

②安装到自己的Gephi中：工具》》插件》》已下载》》添加插件

之后就是把添加了color属性的node表重新导入，点Give colors to nodes插件的图标就行啦

点了之后看到这个提示的一刻还是蛮激动的，证实了这个思路可行。接着就是在R语言里修改代码，让每个Phylum都能自动对应一种颜色。?

这是我的node文件，也就是说，我想给它添加一列color，并且按照Phylum的内容自动为它填充内容?

?

好好好，接着查，自然而然地就想到了if语句，就查着慢慢修改。

node$color=NA ?#添加新列
node$color <- ifelse(node$phylum=="Proteobacteria", "#EB7369",?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?ifelse(node$phylum=="Actinobacteria", "#CF8B0B",
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ifelse(node$phylum=="Bacteroidetes","#9D9F20",
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?ifelse(node$phylum=="Acidobacteria","#2BB077",
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ifelse(node$phylum=="Gemmatimonadetes","#1BB3B7",
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?ifelse(node$phylum=="Verrucomicrobia","#29A4DE",
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ifelse(node$phylum=="Fibrobacteres","#8989C1","#C0C0C0")))))))

这个代码看着复杂，但是思路很简洁，就是ifelse(条件，color列填充什么内容，不然color列填充什么内容)，一直在括号里套ifelse语句就行了，这里Phylum和颜色我是随便选择的，根据自己需要再做修改就行了。

?

然后以下代码就是做.graphml文件，再导入Gephi就万事大吉啦。

igraph ?= igraph::graph_from_data_frame(edge, directed = FALSE,?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? vertices = node)#vertex节点? ?
write.graph(igraph, '22.graphml', format = 'graphml')

不过，不过，我发现，切换到“数据资料”这一栏的时候没有color这一列，但是这时候图就已经是自己设置的颜色了

略作为学习的小记，希望能帮到大家，也欢迎多多交流
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