GPCR蛋白一般残基编号(Generic residue numbering)

前言

在相应的文章中看到对于对于描述GPCR中的序列位置，往往在除了在当前蛋白的氨基酸序列序号意外，会在右上角标注一个类似于6 x 49的编号。经查这个编号有一个统一名称：Generic residue numbering。本文即介绍以下这个Generic residue numbering到底是如何规定的。

定义

以6 x 49这个编号为例子作为讲解：

第一个数字：在GPCR蛋白家族中存在7个跨膜区域TM，数字6即代表该氨基酸在TM6之上。
第二个数子：GPCR一共分为A~F 6个家族，将每个家族中最保守的那个氨基酸的位置定为50. 49即代表是最保守的那个氨基酸的前一个氨基酸。下图加粗氨基酸为不同蛋白家族中最保守氨基酸：

特殊情况

在部分文章中是可以看到有些氨基酸上标了两个Generic residue numbering，这往往是由于helix的突起和收缩，造成了与标准序列之间的偏差(如下图所示)：

同时标注两个Generic residue numbering即认为地弥补这个空缺。

参考连接

原文：https://doi.org/10.1016/j.tips.2014.11.001
GPCRdb：https://docs.gpcrdb.org/generic_numbering.html
袁曙光老师博客：https://blog.sciencenet.cn/blog-355217-864739.html