R语言【paleobioDB】——pbdb_collection()：从PBDB获取单个采集号的基本信息

Package?paleobioDB?version 0.7.0

paleobioDB 包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDB v1 API。

可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。

Usage

pbdb_collection (id, ...)

Arguments

参数【id】：采集号的标识符，即?ID。此参数为必需参数。

参数【...】：其余可通过 API 调用的参数。所有可用参数详见?PBDB Data Service: Single fossil collection。

Details

请通过 pbdb_occurrences() 查看执行筛选的主要参数。

Value

包含单条采集记录的数据帧。

Example

library(paleobioDB)
library(RCurl)
 
options(RCurlOptions = list(cainfo = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", package = "RCurl")))


> pbdb_collection (id=1003, vocab="pbdb", show="loc")

  collection_no record_type      formation       lng      lat llp                collection_name
1          1003  collection Cherokee Shale -94.80417 37.33111  MS USGS 7848-Cherokee Co., Kansas
  n_occs early_interval reference_no cc  state   county
1      1   Desmoinesian           33 US Kansas Cherokee

Page

function (id, ...) 
{
    l <- list(...)
    .pbdb_query("colls/single", query = c(list(id = id), l))
}