肺癌单细胞文献阅读1

写在前面

看点肺癌生信文献吧，只写点不了解的部分和觉得我认为有必要的部分，其余略过

文献

Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor
microenvironmental patterns in lung adenocarcinoma
IF:8.0 中科院分区:1区 医学 WOS分区:Q1

结论

1.heterogeneous carcinoma cell transcriptomes reflecting histological grade and oncogenic pathway activities, and two distinct
microenvironmental patterns
2.
3.

introduction

癌由恶性上皮细胞、非恶性免疫细胞 、非恶性基质细胞。

result

1.肺腺癌的细胞多样性

b、c看数据有没有去除批次效应，d看临床和病理信息，和分为上皮、免疫、基质细胞的比例关系，bd一起看，可看到癌样本大多是上皮细胞，且上皮细胞的比例占比差异还很大。正常大多为免疫细胞。

2.看肿瘤上皮细胞概况

1.只提取上皮细胞，看肿瘤纯度>90%，根据拷贝数变异，拷贝数方法：For copy-number assignment, InferCNV v1.3.3 was used with default parameters.
2.做了原癌基因的通路活性，涉及EGFR, TGFβ, JAK/STAT, Hypoxia, and
PI3K signaling。基因突变与通路之间的表征：
p53 signaling was significantly reduced in tumors harboring TP53 mutations,whereas pathway activity scores for EGFR and MAPK signaling were not significantly higher in KRAS-mutated compared to
KRAS-wildtype tumors。
方法：Oncogenic signaling pathway activity scores were computed using the R package “progeny”。
3.umap维度设置为低维度时，发现以组织类型聚类的趋势。
4.有与肺癌进展相关的基因，与PC1相关。SCGB3A1 and SCGB3A2
5.stroml与basal区别在哪？
6.pc1 in 10bins 啥意思？

3.看基质细胞

1.纤维原细胞向纤维肌肉细胞转化

2.讲一堆纤维肌肉细胞亚型，亚型1仅在肿瘤中出现；亚型2在肿瘤与正常都出现，该亚型高表达胶原、基质降解酶、基质蛋白质，这说明了肿瘤中胞外基质重塑。亚型二高表达TGFβ and JAK/STAT signaling 、hypoxia-induced pathways，亚型一恰恰相反。二者细胞量在样本内呈反比。We
conclude that myofibroblasts cluster 1 and 2 represent “normal-like”
and “cancer-associated” phenotypes of myofibroblasts, respectively,
and either of them can predominate the stromal microenvironment
所以，这边应该算是定义了两个新亚型，并经实验验证。

4.看免疫细胞

1.看哪些？
monocyte-derived macrophages, monocytes, myeloid and plasmacytoid dendritic cells, mast cells, and T, NK, B,
and plasma cells
2.dendritic cells、myeloid cell增加，macrophages and monocytes减少。
3. monocyte-derived macrophage clusters 1 and 2，两亚群。
cluster 1 高表达与M2极化相关的 SELENOP, 跟免疫相关的通路低表达,。while cluster 2 高表达抗炎因子, such as CXCL9 and
CXCL10, the proinflammatory cytokine IL1B, and gene signatures related to immune response and M1 polarization。
4.再讲一下其他细胞在正常与肿瘤之间的分布， CD8+ T, B, and
plasma cells were increased, while NK and conventional T cells
were decreased。Regulatory T cells只在肿瘤中出现，表达CTLA4 and
TIGIT，呈免疫抑制功能。

5.两种模式的肺腺癌肿瘤微环境

找由细胞组（主要由哪几种细胞）构成的病人，区分根据定义为不同组，说明不同组存在的生存差异等信息。并做受体配体作用，最后经由tcga验证分组的生存与突变负荷等。

后结

第一篇看完的单细胞文章，感觉是先分大类，说明样本大类的区别，而后再根据其他文献对大类进行细分，找不同组别间小类的细胞组成区别，最后同时呈现，比较明显，再根据生物学去讲组别存在的差异可能蕴含的合理性。分析完大类及小类后，再重新将样本分类，观察分类后的样本的差异情况，并通过bulk数据验证。相比胃癌那篇，这篇比较难看懂，大多是生物学知识和背景。