生信软件10 - DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa

发布时间:2023年12月26日

R包安装

BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("ggmsa")

DNA多序列比对图

# 导入内置核酸序列
nt_sequences <- system.file("extdata", "LeaderRepeat_All.fa", package = "ggmsa")

ggmsa(nt_sequences, color="Chemistry_AA", font = "DroidSansMono", char_width = 0.5, seq_name = TRUE)

DNA多序列比对图

RNA多序列比对图

miRNA_sequences <- system.file("extdata", "seedSample.fa", package = "ggmsa")

ggmsa(miRNA_sequences, font = 'DroidSansMono',color = "Chemistry_NT", none_bg = TRUE) +
  geom_seed(seed = "GAGGUAG", star = FALSE)ggmsa(miRNA_sequences, font = 'DroidSansMono',color = "Chemistry_NT") +
  geom_seed(seed = "GAGGUAG", star = TRUE)

RNA多序列比对图

蛋白质多序列比对图

protein_sequences <- system.file("extdata", "sample.fasta", package = "ggmsa")

ggmsa(protein_sequences, 221, 280, seq_name = TRUE, char_width = 0.5) + 
  geom_seqlogo(color = "Chemistry_AA") + geom_msaBar()

蛋白质多序列比对图

基因组变异图

fas <- list.files(system.file("extdata", "GVariation", package="ggmsa"), pattern="fas", full.names=TRUE)
x <- seqdiff(fas[1], reference=1)

plot(
  x,
  width = 50,
  title = "auto",
  xlab = "Nucleotide Position",
  by = "bar",
  fill = "firebrick",
  colors = c(A = "#ff6d6d", C = "#769dcc", G = "#f2be3c", T = "#74ce98"),
  xlim = NULL
)

基因组变异图

生信软件文章推荐

生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视化工具 visNano

生信软件2 - 下游比对数据的统计工具 picard

生信软件3 - mapping比对bam文件质量评估工具 qualimap

生信软件4 - 拷贝数变异CNV分析软件 WisecondorX

生信软件5 - RIdeogram包绘制染色体密度图

生信软件6 - bcftools查找指定区域的变异位点信息

生信软件7 - 多线程并行运行Linux效率工具Parallel

生信软件8 - bedtools进行窗口划分、窗口GC含量、窗口测序深度和窗口SNP统计

生信软件9 - 多公共数据库数据下载软件Kingfisher

更多内容请关注公众号【生信与基因组学】,定期更新生信算法和编程、基因组学、统计学、分子生物学、临床检测和深度学习等内容。

文章来源:https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/135231288
本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。