Rosalind 038 Introduction to Alternative Splicing

发布时间:2024年01月03日

题目背景:

这个问题涉及到分子生物学中的“可变剪接”概念,并且使用计算方法来理解它。

  • 可变剪接:在分子生物学中,可变剪接是一种过程,通过这种过程,一个基因可以导致多种不同形式的mRNA,并因此产生不同的蛋白质。这是通过在mRNA加工过程中选择性地包括或排除不同的外显子集合来实现的。
  • 外显子和内含子:真核生物中的基因由外显子和内含子组成。外显子是保留在最终mRNA中并被翻译成蛋白质的序列,而内含子是在mRNA处理过程中被移除的序列。
  • 蛋白质异构体:由于可变剪接从同一个基因产生的不同蛋白质被称为蛋白质异构体。

计算问题:

  • 问题考虑了一个简化的可变剪接模型。给定一组外显子,你需要使用至少最少数量 m 的这些外显子来形成一个最终的mRNA分子。外显子的顺序是固定的。
  • 计算任务是计算满足最小要求的这些外显子子集的总数。这个计数代表了这个模型中可能的替代性剪接异构体的总数。
  • 子集:子集是一个集合的一部分。包含 n 个元素的集合的子集数量是 2^{n}
  • 组合:从 n 个元素的集合中选择 k 个元素的方式数量由 C(n,k) 给出,也表示为(nk)。

题目要求:

题目要求:

  • 给定
    • n:外显子的总数。
    • m:形成有效mRNA的子集中所需的最少外显子数。
    • 约束条件:0≤m≤n≤2000。
  • 输出:对于所有满足 m≤k≤n 的 k,组合数 C(n,k) 的总和,模 1,000,000

代码:

import math

n = n
m = m
all = 0

for k in range(m,n+1):
    temp = math.comb(n,k)
    all+=temp

print(all%1000000)

文章来源:https://blog.csdn.net/weixin_45848873/article/details/135359875
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