CUTANA? CUT&RUN Assays ——实现超敏基因组定位

蛋白质和核酸是构成生命体最为重要的两类生物大分子，二者间的相互作用一直是分子生物学研究的中心问题之一。研究细胞内蛋白质-DNA相互作用的常用方法是染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)?，同时ChIP还常被用于确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点（即组蛋白修饰酶的靶标）。但是由于ChIP存在高细胞需求量、技术难度大、成本高、深度测序、数据质量差以及变量大等缺点，在实际应用的过程中局限颇多。

核酸酶靶向切割和释放（Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease, CUT&RUN）是表观遗传学的一种新型技术方法，在蛋白质-DNA的相互作用以及组蛋白翻译后修饰（PTMs）的基因组定位研究中取得突破性进步。CUT&RUN对传统的ChIP检测方法进行了重大的修改，消除ChIP固有的一些缺点，简化工作流程，跳过了ChIP-seq中包括染色质片段化和抗体pull down等非常具有挑战性步骤，用更少的细胞量和测序读数获取更佳的数据。

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对于新用户，CUTANA??CUT&RUN提供了您开展实验所需要的一切，包括简单易上手的实验套装、实验方案以及验证过的抗体等等，实验操作流程如下：

? CUT&RUN工作流程??

●?固定细胞
●?添加抗体和pAG-MNase（Protein A-Protein G-微球菌核酸酶）
●?激活MNase并切割DNA
●?结合抗体的复合物扩散至溶液中
●?准备测序文库
●?测序

? 为什么选择CUTANA??CUT&RUN？

如下图所示，CUTANA??CUT&RUN在使用更低测序读数的同时，结果要更优于ChIP-seq。

? CUTANA??CUT&RUN优势：

●?节省了10倍的测序成本，省时高效。（与ChIP-seq相比）

●?低细胞需求量。（低至5k)

●?可作用于多种多样的靶标和样本类型，

●?操作流程简单易上手。

●?测序结果信噪比高。

●?实验可重复性好。

CUT&RUN可以用于研究多种类型的靶标，包括转录因子、染色质相互作用蛋白和组蛋白翻译后修饰，还为一些研究染色质重塑等十分具有挑战性的目标提供了机会。

下图为具有代表性的基因组浏览轨迹，展示了使用K562细胞的CUTANA CUT&RUN结果。通过将每个样本中约300-800万个测序reads用于表观遗传学的各靶标，可以观察到具有期望分布面的清晰峰。

? 新手推荐产品：

CUTANATM CUT&RUN AND LIBRARY PREP KITS

EpiCypher / 欣博盛生物的CUTANA? CUT&RUN?AND LIBRARY PREP KITS为用户提供了染色质定位实验的细胞-测序解决方案，该试剂盒包含了从细胞到测序流程中所有必要的对照以及验证试剂，充分确保实验能够获得高质量数据。

√ CUT&RUN首推产品！? √?功能全面，新人必备！ √?兼容性强：新鲜、冷冻或交联的细胞/细胞核均可使用！

CUTANATM REAGENTS

CUTANA?系列的所有试剂均经过测试和验证，适用于本公司CUTANA??CUT&RUN优化后的工作流程。

√?用于设计和执行制定的CUT&RUN实验 √?产品齐全：ConA磁珠、pAG-MNase、大肠杆菌插入DNA、DNA纯 化试剂盒等均可单独购买。

CUTANATM CUT&RUN ANTIBODIES

√??均通过科学家的大量验证，性能稳定！ √??可用于各种染色质靶标，包括组蛋白翻译后修饰、转录 因子和染色质重塑。 √??定期查验新靶点！

? SNAP Spike-ins：表观基因组学中的核小体定量对照??

SNAP Spike-ins将含有DNA条形码且携带组蛋白（已翻译后修饰）的半合成核小体作为表观基因组学分析的定量峰值对照，提高了分析可靠性的同时，还实现了精确样本的标准化。此外，SNAP Spike-ins不仅优势多，而且使用范围广，可适用但不局限于以下方面：

√??与CUT&RUN、CUT&Tag、和ChIP-seq测定兼容；

√??抗体特异性分析验证，可原位操作；

√??监测分析性能，可持续监测检测情况；

√??定量样本比较，可直接定量读数；

√??故障排除实验。

上图为产品SNAP-CUTANA? K-METSTAT PANEL，该产品包含了15个携带疾病相关赖氨酸甲基化修饰的dNucs（即含DNA条形码的半合成核小体）和一个未经修饰的dNucs对照。