【从0上手cornerstone3D】如何加载nifti格式的文件

在线演示

支持加载的文件格式

• .nii

• .nii.gz

代码实现

npm install @cornerstonejs/nifti-volume-loader

// ------------- 核心代码 Start-------------------
// 注册一个nifti格式的加载器
volumeLoader.registerVolumeLoader(
  "nifti",
  cornerstoneNiftiImageVolumeLoader
);

const niftiURL =
  "https://ohif-assets.s3.us-east-2.amazonaws.com/nifti/MRHead.nii.gz";

// 在定义volumeId时使用 nifti 前缀，便于识别使用的加载器种类
const volumeId = "nifti:" + niftiURL;
await volumeLoader.createAndCacheVolume(volumeId);
// ------------- 核心代码 End-------------------

const renderingEngine = new RenderingEngine(this.renderingEngineId);
// 在渲染引擎中创建并加载视图，使视图与HTML元素绑定
const viewportId1 = "CT_AXIAL";
const viewportId2 = "CT_SAGITTAL";
const viewportId3 = "CT_CORONAL";
const viewportInputArray = [
  {
    viewportId: viewportId1,
    type: csEnums.ViewportType.ORTHOGRAPHIC,
    element: document.querySelector("#element1"),
    defaultOptions: {
      orientation: csEnums.OrientationAxis.AXIAL,
    },
  },
  {
    viewportId: viewportId2,
    type: csEnums.ViewportType.ORTHOGRAPHIC,
    element: document.querySelector("#element2"),
    defaultOptions: {
      orientation: csEnums.OrientationAxis.SAGITTAL,
    },
  },
  {
    viewportId: viewportId3,
    type: csEnums.ViewportType.ORTHOGRAPHIC,
    element: document.querySelector("#element3"),
    defaultOptions: {
      orientation: csEnums.OrientationAxis.CORONAL,
    },
  },
];
renderingEngine.setViewports(viewportInputArray);

// 在视图上设置Volume
await setVolumesForViewports(
  renderingEngine,
  [
    {
      volumeId: volumeId,
    },
  ],
  [viewportId1, viewportId2, viewportId3]
);

// 渲染图像
renderingEngine.renderViewports([viewportId1, viewportId2, viewportId3]);

问题解决

1. 非安全上下文下，提示 SharedArrayBuffer is not defined 的问题

• 原因：非安全模式下，SharedArrayBuffer的构造函数为隐藏的，所以在类型判断时，由于SharedArrayBuffer未声明而被使用导致ReferenceError
  

• 临时解决：手动声明一个SharedArrayBuffer跳过检测

window.SharedArrayBuffer = ArrayBuffer

• 官方答复可关注Issue：https://github.com/cornerstonejs/cornerstone3D/issues/1006

拓展

NIfTI文件

NIfTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式是一种广泛使用的数据格式，主要用于存储和交换神经影像学数据，尤其是在功能磁共振成像（fMRI）、结构 MRI 和 DTI（扩散张量成像）等领域。这种格式由 NIfTI 组织开发，旨在简化神经影像数据的使用和交换。

NIfTI 文件的主要特点：

支持 3D 和 4D 数据
NIfTI 文件能够存储三维影像数据（如单个时间点的 MRI 扫描）以及四维数据（如随时间变化的系列扫描）

包含数据和头信息：
每个 NIfTI 文件不仅包含影像像素或体素的原始数据，还包含了描述这些数据的元数据（头信息）。这些信息包括维度、空间定位、数据类型、单位（如毫米和秒）等。

两种文件格式：
单文件（.nii）格式，将数据和头信息存储在一个文件中。
双文件（.hdr 和 .img）格式，分别存储头信息和数据。

支持数据压缩：
NIfTI 文件可以被压缩以减少空间，通常以 .nii.gz 的格式出现。

灵活性和兼容性：
NIfTI 格式旨在兼容旧的 ANALYZE 7.5 格式，同时增加新的功能。它被设计为足够灵活，以适应不断发展的医学影像技术。